El 15 de octubre de 1884 el personal del Asilo y 70 huérfanos inauguran la nueva construcción, situada en el cruce de Claudio Coello con Juan Bravo. Pronto alcanzó la cota de 300 internos, el número soñado por su fundadora. Muerta Dª Ernestina, el Asilo continuó con el ímpetu e impulso que ella supo imprimirle. Poco sabemos de la vida diaria del Asilo en los primeros años: enseñar a leer y escribir, cálculo, urbanidad, formación cristiana, la dedicación generosa a los huérfanos, los magníficos talleres de artes gráficas instalados en el edificio de los que los internos salían, además de una sólida formación humana y cristiana, dominando los secretos de las profesiones de tipógrafos y encuadernadores. Esta es la actividad del Asilo en su primera época, solo interrumpida entre los años 1936-1939.

A finales de los años 50, el edificio de Claudio Coello ha quedado pequeño y anticuado, por lo que se empieza a pensar en una nueva ubicación que permita desarrollar la obra educativa de forma más adecuada. En 1965 se compra el solar de Cardenal Herrera Oria nº 242 y en  1968 se inician las obras. 

En septiembre de 1970 comienza a funcionar el edificio actual. La amplitud de los locales y el reconocimiento a la labor educativa que se realiza hace que el número de alumnos aumente considerablemente cada curso. Así, en el curso 74-75 había 1076 estudiantes (de 6 a 19 años), 516 internos (procedentes de diferentes regiones españolas) y 560 externos (afincados en la capital, principalmente en los barrios adyacentes al Colegio). Hasta los 14 años se impartían los 8 cursos de EGB con 714 estudiantes y de 14 a 19 años funcionan tres ramas de Enseñanza Profesional (Artes gráficas, Metal y Madera y Electrónica), con 362 aprendices.